《名将的另一面：清代汉尼拔——杀人狂兼食人魔兆惠》（京华烟云）报道：
无论《七剑下天山》还是《书剑恩仇录》里，兆惠都是可恶的大反派，直到《雍正皇帝》，他才咸鱼翻身，一跃成为千古名将的典范。那么，真实的他是个什么样的人呢？
乌雅兆惠，生于康熙四十七年即公元1708年，是雍正生母孝恭仁皇太后乌雅氏的族孙，从小锦衣玉食，二十四岁便以笔贴式的身份进入军机处做办事员，该职务虽然级别不高，但很容易得到提拔，因为每天都与军机大臣们甚至皇帝本人打交道。
众所周知，雍正与乌雅氏的关系并不好，但皇帝对母亲娘家还是颇为照顾，继位的乾隆延续了这一做法，因而兆惠的仕途十分顺利，参加工作后七年获得七次提升，一直做到刑部右侍郎（从二品，相当于司法部兼公安部第二副部长）的高位，不久又加上了正黄旗满洲副都统以及镶红旗护军统领（都是正二品）的头衔。
不过，兆惠在刑部干得可不怎么样，该部的专业性非常强，而他对律法审判等业务一窍不通，出了很多洋相，两年后终于捅了大篓子让乾隆很不高兴。朝廷拟定的处分是革职，但皇帝对这个亲戚格外开恩，允许他留任。如果照这样发展下去，兆惠很可能做为一个颟顸的八旗官僚而遗后人笑柄，但就在受处分的那年，第一次金川战争爆发了，他也彻底改变了人生轨迹。
当时，清军讨伐大小金川（今四川阿坝州金川、小金县和甘孜州丹巴县）的嘉绒人，虽然占尽兵力优势但却战局胶着，接连换了两个主帅，仍然没有起色。最后皇帝拍板，让帝国首相（领班军机大臣兼首席大学士）讷亲挂帅，前往金川“经略”各路人马。首相既然亲自出马，其他大佬当然也不能闲着，于是以兵部尚书班底为首，凡是能脱开身的部长、副部长们，统统被皇帝撵到前线帮忙，其中也包括兆惠。皇帝给了他一个新职位，兆惠便以兼管户部侍郎的身份，协助班第管理后勤，为大军押粮运饷。
说也奇怪，虽然做起司法纰漏百出，但兆惠似乎是天生的财会审计兼行政管理专家，在金川表现得非常出色。比如他了解到战略要地卡撒（位于今天阿坝州金川县卡撒乡）的军粮不能支撑太久，便将附近的存粮都紧急调运过来以防万一，为后来大军在这里长期扎营打下了物资基础。
与此同时，兆惠也没有忘记他中央部委的职能工作，很快他向乾隆写了份报告，说了自己发现的严重问题：咱官军已经烂到根儿了，高层除了少数几个将领外，统统都是酒囊饭袋，而底下则更多是吃空饷的，再不整顿一下可真危险了。
皇帝对兆惠的调查报告很满意，要新任经略大学士傅恒认真研究——清军频频损兵折将，总司令讷亲也束手无策，因此皇帝再次换帅，派出了自己的小舅子傅恒前往金川主持。
在宿将岳钟琪的斡旋下，第一次金川战争最终以清廷和金川土司各让一步达成和议而草草结束。战后，傅恒、岳钟琪等功臣纷纷加官进爵，但由于缺乏战功，兆惠并没有得到提升，他奉命随班第查核军需钱粮即审计这次战争中的军费开支情况。同年，兆惠被正式调到户部担任左侍郎，显然乾隆对其财会能力印象深刻。
不过，他与金川的缘分也就到此为止了，没有机会参加后来的第二次金川战争。兆惠的主要军事成就，其实是在西域取得的，他在平定阿睦尔撒之乱和大小和卓木之乱中发挥了至关重要的作用。
阿睦尔撒纳是新疆准噶尔汗国的一个部族首领，因争权失败，愤而投奔清朝，引来清军大举远征，仅仅用了不到一百天，便灭亡了自己的父母之邦。战争中，兆惠协理军务并总管后勤，因功封为定边右副将军，得到了一等武毅伯的爵位。
战后，带路党阿睦尔撒纳本以为自己会成为准噶尔的新君主，但没想到乾隆竟然将该地一分为四。阿睦尔撒大为不满，遂借着进京朝觐的机会中途溜走，树起反旗自称汗王，史称阿睦尔撒纳之乱。
当时清军大部队已经撤离，剩下少量驻军的总司令是兆惠的老上级班第，一片混乱中，缺乏准备的他猝不及防，只能率身边的五百清兵且战且退，最后被叛军重重包围。班底不想被俘受辱，于是拔剑自刎。接替班第的是策楞，他的表现可圈可点，联合外蒙喀尔喀人打了好几个胜仗，不过就在战场形势一片大好的时候，策楞却稀里糊涂地摆了个大乌龙，从而彻底葬送了自己的前程。
在没有调查清楚的情况下，这位清军总司令就贸然向乾隆报告说已经擒获叛军首领阿睦尔撒纳，欣喜万分的皇帝为此专门举行盛大典礼向祖先献祭，还封策楞为一等公爵并给予大量赏赐。但很快，这个消息就被证明是假的，丢了面子的乾隆勃然大怒，不久便找碴将策楞革职，命令将其押送京师法办。可就在路上，押解队伍不幸碰上了准噶尔人，倒霉的策楞就在囚车中被杀死。
乾隆二十三年（公元1758年），以定边将军兆惠为新主帅的清朝大军彻底平定了准噶尔人的反抗，阿睦尔撒纳逃亡俄罗斯，不久病死。随后，按照总司令兆惠的命令（其实是皇帝的指示），清军对准噶尔人进行了系统性的大屠杀，只杀得“数千里内遂无一人”。
清人留下的零星记载描述，当时的景象可谓惨绝人寰。乾隆的要求是“总以严行剿杀为要”，即能杀就不放过，兆惠和他的副手富徳严格执行了命令，清军分成多支搜索队，沿着山头河谷展开拉网式排查，每个网格之内的准噶尔人都绝无活命的机会。就这样，美丽的伊犁草原和赛里木湖畔人头滚滚一片血色，草场被分解的人体膏腴得无比肥沃，鲜花也因人血的渲染而越发妖艳……
清人统计，准噶尔人有一半以上死于直接屠杀，三成人死于瘟疫等疾病，只有两成左右设法逃离了这个修罗场。也就是说，除了早已投降并被安置在内地的少数人，以及逃亡俄罗斯和哈萨克的一部分，在兆惠等挥舞的屠刀下，这个曾称霸中亚的强大族群被整体灭绝了。
“准噶尔”从此只做为一个地名而存在。靠着这样一种极为残忍的方式，兆惠终于彻底解决了困扰清帝国六十余年的准噶尔问题。
阿睦尔撒纳之乱被镇压后，清廷再次犯下同样的错误——匆忙从新疆撤离了大部队，这主要是因为后勤补给太困难，大军长期驻扎实在难以维系。于是，北疆的准噶尔人刚刚从地球上消失，南疆就爆发了大小和卓木之乱。
大小和卓木是喀什地区穆斯林首领玛罕木特的儿子，此前都在准噶尔汗国做人质，汗国灭亡后被清军释放，他们利用这个巨大的权力真空趁机起事，企图建立政教合一的宗教国家，一时间几十万当地人群起响应，天山以南几乎全部陷落。
虽然仓促迎战，但清军总司令兆惠却表现得可圈可点。尤其是乾隆二十三年（公元1758年）农历十月，他带领千名轻骑突击敌人腹地，不料途中渡河时桥梁突然断裂，清军被截为首尾不相顾的两段。兆惠仅率先渡河的四百名骑兵且战且走，在黑水营（位于今天喀什地区莎车县）被十倍于己的叛军包围，清军弹尽粮绝，最后连马鞍子上的皮革都吃光了，但仍然坚持抵抗。
叛军久攻不下，不得不在清军的战壕外又垒了一道工事，企图把对方困死饿死。据说就在这危急关头，见证奇迹的时刻到了——兆惠后来给乾隆报告说，部队挖地找东西吃，竟然挖出了不知是谁埋下的几百石粮食，而更为神奇的是，他们随处掘井就涌出了水，就这样又挺了一段时间。
随着坚守的时间越来越久，清军挖出的那点粮食逐渐消耗殆尽，而马匹骆驼这些牲畜也光了。清人笔记写道，饿红了眼的清军于是打起了人肉的主意，他们突然杀了出来，捉住一批当地俘虏，这些倒霉蛋最后无一例外都成了饥饿官兵的盘中餐，其中上好部位，想必会孝敬兆惠等几位主将吧。
尝了甜头以后，清军从此一发不可收，时不时就要出击一次，每次都抓回几个当地人解馋。有的时候，不幸有夫妻被一起掠来，屠夫们便先宰了丈夫，然后让妻子负责炖煮烹饪，到了晚上她又成了被士兵肆意蹂躏的慰安妇。第二天，等丈夫吃光了，妻子便会大难临头，接替成为肉食来源。据说所有被捕杀的男女在大难临头时都毫无反抗，任凭清军宰割凌辱，如同汉尼拔博士眼中沉默的羔羊。
就这样靠着吃人肉，兆惠的小部队与敌人相持了整整三个月，眼看要撑不下去了。除夕新年夜，兆惠等几位将领聚在一起烤火，他们掰着手指头数剩下的军粮，认为再过十天恐怕就只能去阎王爷那里再会了。其中一位将军素来抠门，此时却突然说道，当初部队过酒泉的时候，收到不少劳军的点心，我一直舍不得吃，现在还剩下一些，今天咱们吃了吧！人肉都吃吐了的众将大喜过望，赶紧趁机大嚼，等临散伙时才突然明白——连这个吝啬的家伙都不留余粮，恐怕我们真到鬼门关了，不由得潸然泪下。
就在行将崩溃之际，富徳等部援兵终于杀到，内外夹攻下，叛军不得不解围撤退，兆惠他们也幸运地活着回到了阿克苏大营，这就是史上著名的“黑水营之围”，前后历时长达百日。黑水营可以说是这场战争中的斯大林格勒，如果兆惠失败，那么南疆甚至整个新疆都可能不复清帝国所有。
战后，乾隆亲自撰写了一篇名为《黑水行》的诗歌来记述此役，对兆惠极尽赞美。黑水营之围半年后，大小和卓木之乱终于被兆惠彻底平定，皇帝为自己的远征军总司令举行了盛大的凯旋式，兆惠也以一等武毅谋勇公、户部尚书的身份进入内阁，成为助理宰相即协办大学士。
颇有讽刺意味的是，清人笔记写道，为了体现皇恩浩荡和对兆惠的重视，乾隆竟然让这位识不了几个汉字的满洲将军担任了科举最高级别考试即殿试的阅卷大臣。皇帝还悄悄指点他其中的秘诀——“圈多即佳卷”，原来，成绩好的考卷上会有各位阅卷大臣的圈点，不识字的兆惠只要数一下圈圈的个数就成了。
不过如果仔细研究，便会发现这个故事其实很有问题。因为兆惠本非军人，而是笔贴式出身，即旗人高级官员们的秘书或文书，该职的主要工作就是撰写满汉公文，还要负责满汉双语的互译，因此他不可能不识汉字。当然，他肯定不懂科举专用的八股文，品不出考卷好坏也确有可能。
乾隆二十九年农历十一月，新疆的征服者兆惠在北京病逝，享年五十七岁，死后备极哀荣，追封太保，谥号文襄，皇帝亲临祭奠。到了嘉庆元年，他又“配享太庙”，从而取得了与乾隆一起在地下享用冷猪肉的资格。
做为乾隆朝最优秀的将军之一，兆惠虽起于技术官僚，但他却似乎是天生的名将，即使在最艰苦险恶的环境中仍指挥若定毫不动摇，既与士兵投醪抚寒同甘共苦，又对敌人毫不妥协斩草除根，他看似残忍决绝的将道影响了当时诸多清军将领，后来阿桂在第二次金川战争中对嘉绒人成功使用的全面封锁与种族灭绝战术，依稀便能见到兆惠那冷酷的身影。
谢选骏指出：乾隆狗的战无不胜原来靠的是杀人狂和食人魔，两百年后那个“战无不胜的毛泽东思想”也是如此，在战争时代的人海战术之后，推行了饥荒时代的“人肉果腹”——穷人都被吃光了，1962年“困难时期”的问题也就解决了。接下来再发动一场文革，吃掉富人的肉，全国就成一片红了。
《中国有史以来收复国土最多的一人——兆惠将军》（2021-05-08 探究历史百科）报道：
乌雅·兆惠清朝乾隆时将领，满洲正黄旗人。雍正帝的生母孝恭仁皇后乌雅氏族孙，都统佛标之子。兆惠将军被誉为“中国反疆独第一人”。
雍正九年（1731年），兆惠以笔帖式的身份被授为军机处章京，入值军机处。历任兵部郎中、内阁学士、盛京刑部侍郎、刑部右侍郎、正黄旗满洲副都统、镶红旗护军统领。
乾隆十三年（1748年），兆惠兼领户部侍郎职务。当时清廷正在平定大小金川，兆惠亲自赴金川清军军营督办粮运。兆惠上疏乾隆帝商议粮运的事项，并说平定大小金川的诸将中只有乌尔登、哈攀龙两个人作战勇猛，并提及各个省的派兵情况多有不实。乾隆帝听说后下令经略傅恒查实这些情况。平定金川后，大军班师还朝，乾隆帝命兆惠核实以前各军所用军需是否真实，并调任户部侍郎。以后，兆惠赴山东查办传钞尚书孙嘉淦伪疏稿案，暂任山东巡抚。
乾隆十五年（1750年），兆惠入值军机处。
乾隆十八年（1753年），兆惠赴西藏办理筹防准噶尔部的事宜。
乾隆十九年（1754年），清廷出兵平定准噶尔时，兆惠受命协理北路军务并总理粮饷事务。
乾隆二十年（1755年），乾隆帝命兆惠驻守乌里雅苏台。准噶尔部台吉噶勒藏多尔济归顺清朝，乾隆帝命兆惠给以牲畜。同年，厄鲁特辉特部台吉、策妄阿拉布坦的外孙阿睦尔撒纳叛变，攻陷了伊犁。乾隆帝命兆惠移驻巴里坤，兼督额林哈毕尔噶台站。
乾隆二十一年（1756年），清军击溃阿睦尔撒纳，收复伊犁，乾隆帝因为定西将军策楞不能胜任总领军务的重担，乾隆帝召兆惠回到北京，并授予他镇守北疆的方略。兆惠还没有回京，策楞就因为谎报军情和虚报战绩被逮捕，而且解除扎拉丰阿定边右副将军的职务，并将此职授予兆惠，筹办伊犁善后事宜。阿睦尔撒纳被清朝击败后逃亡哈萨克，定西将军达尔党阿率军逐捕没有成功，乾隆帝命大军还师。厄鲁特蒙古诸位在军中的宰桑（蒙古官号）阴谋策划叛乱，绰罗斯汗噶勒藏多尔济秘密告诉兆惠，巴雅尔将要入掠他的牧地。兆惠令宁夏将军和起率领百余人征收厄鲁特兵前去驻守。但是噶勒藏多尔济的侄子扎那噶尔布及宰桑呢吗、哈萨克锡喇、达什策零等人阴谋私通巴雅尔，中途发动叛变，和起战死。兆惠闻讯后亲自带领伊犁军士五百人前去平乱，经过济尔哈朗到达鄂垒扎拉图，与达什策零作战，大败达什策零。一直追击到库图齐，再战达勒奇，杀叛军士兵数千人。
乾隆二十二年（1757年），兆惠率军到达乌鲁木齐，噶勒藏多尔济、扎那噶尔布等诸位叛军首领都在这集合，一日就作战十余次，战马都几乎用尽。大军在冰雪中行进，到达特讷格尔，被叛军所围。巴里坤办事大臣雅尔哈善先派遣侍卫图伦楚率领八百人去援助兆惠军。当时适逢兆惠派遣军校云多克德楞彻自围中杀出，到雅尔哈善的军营请求援助。这件事上报朝廷之后，乾隆帝嘉奖兆惠作战奋勇，以功被封为一等武毅伯，授户部尚书、镶白旗汉军都统、领侍卫内大臣。图伦楚兵到了后，兆惠包围被解。兆惠得到新兵之后，又追击巴雅尔的叛军至穆垒河源。巴雅尔迁移到别处放牧之后，兆惠还师巴里坤。乾隆帝因为兆惠奋力追击，追杀叛军不懈怠，赏赐兆惠御用玉韘、荷包、鼻烟壶，命定边将军成衮紥布分路进击厄鲁特。不久，兆惠与参赞大臣鄂实等一起自额林哈毕尔噶出发进剿厄鲁特。
乾隆二十二年（1757年），兆惠发现回部头人波罗尼都、霍集占（大小和卓）有叛乱的迹象，令参赞大臣富德去追捕阿睦尔撒纳，自己的军队停驻在济尔哈朗等待富德。乾隆帝责备兆惠与成衮扎布以回部事务为重、而轻视了阿睦尔撒纳，处事有失轻重。于是兆惠率领军队在富德后继续北进，派遣使臣前往左右哈萨克宣谕，要求归还潜逃的阿睦尔撒纳。大军再进到额密勒河西岸附近，富德大军到达塔尔巴哈台，俘获潜逃的叛军首领巴雅尔以及随从数人，移送到北京。
哈萨克汗阿布赉遣使来朝献马，并上表请求入觐，乾隆帝下诏宣谕。阿布赉的使臣说阿睦尔撒纳率领二十骑前去哈萨克投奔，相约第二天清晨见面，阿布赉下令先没收阿睦尔撒纳的战马和牛羊。阿睦尔撒纳发现之后惊忙逃走，哈萨克汗俘获他的侄子达什车凌、宰桑齐巴罕，捆绑之后送到兆惠大营，兆惠以闻，命槛车致京师。兆惠分遣他的将领图伦楚、三达保、爱隆阿等人击败阿睦尔撒纳的属众，并招降阿睦尔撒纳的部下纳木奇父子，送到北京。兆惠再次进击，与富德的大军会合。秘密探查到阿睦尔撒纳已经逃入了俄罗斯，乾隆帝命他还师。
乾隆二十二年（1757年）十二月，回部大小和卓叛乱。乾隆帝授兆惠为定边将军，前往南疆讨伐回部大小和卓波罗尼都、霍集占。兆惠上奏乾隆帝，请求先屯田于乌鲁木齐，待来年春天再率军进讨大小和卓。并进言说，如果不能立即率领大军进入回部，那么应该集聚很多粮食，购置很多战马，才能是稳重的策略。乾隆帝不以为然，下诏责备兆惠怯懦不战。
乾隆二十三年（1758年）正月，兆惠因为厄鲁特人在沙喇伯勒还有一万户，决定先剿除他们，于是专心于回部的事务。乾隆帝授雅尔哈善为靖逆将军，命他进击南疆；命兆惠进剿厄鲁特的事情完成之后，在别道与雅尔哈善合兵进击。兆惠与副将军车布登紥布、副都统瑚尔起、侍卫达礼善等分四路进剿厄鲁特蒙古余部。乾隆帝因为哈萨克锡喇、鄂哲特等十多人都没有被兆惠抓获，命兆惠等更加谨慎。四月，兆惠抓获鄂哲特等人，并送往北京。乾隆帝仍责成兆惠尽快抓俘哈萨克锡喇等。不久又令兆惠赴库车视察军务，回到北京之后，乾隆帝的诏令未至兆惠的军队就已经出发。正赶上雅尔哈善的军队围困库车，霍集占突围逃走。乾隆帝逮捕雅尔哈善，以兆惠代替雅尔哈善。兆惠在中途上疏乾隆帝说：“我当亲率八百人赴库车，与雅尔哈善协力剿灭叛军，不破敌军势不还朝。”乾隆帝嘉奖他奋勇，赐给他双眼孔雀翎。
乾隆二十三年（1758年）八月，定边将军兆惠奉命由伊犁率部南下，指挥清军平定回部大、小和卓叛乱。兆惠遣副将富德驻阿克苏，为第二梯队，自率马步兵4000余往攻小和卓霍集占所在的叶尔羌城（今新疆莎车）。叶尔羌城周十余里，城门12座。回兵在清军必经的城东5里处，挖沟筑台，以为屏障；并实行坚壁清野。十月初三日，兆惠所部抵辉齐阿里克，距叶尔羌城40里，隔河扎营，并派出左、右两翼兵，抢占了城东土台，控制进出要道。初六日，东、西、北三座城门中冲出数百名骑兵，两军厮杀，回兵三战皆败，遂退回城中固守。兆惠大营安扎于黑水河畔，故名“黑水营”。兆惠见叶尔羌城防守严密，便拨出800人清军交副都统爱隆阿，命其前往东南方向，防御盘踞在喀什噶尔（今新疆喀什）的大和卓叛军，其余兵力密切监视叶尔羌城，待机再战。时获情报，言城南山下有回人牧群。兆惠决定往劫羊群，以补充给养，并诱敌出城作战。十三日，兆惠率千余骑兵南进。前面有河，清军夺占桥头，登桥而驰。岂料刚过桥400余人，桥骤断，叶尔羌城中随即冲出叛军5000骑兵、1万步兵，张开两翼攻围清军。清军人自为战，浮水还营，兆惠两易战马，面胫俱伤。直至夜晚，回兵方退回城中。清军亡100余人，伤数百人，总兵高天喜战死。十四日，霍集占组织回兵向黑水营发动猛攻。兆惠指挥士卒边战边筑起临时工事。战斗持续了整整5天。兆惠派出5名士兵，分别往阿克苏告急，驻阿克苏头等侍卫舒赫德飞章奏报朝廷。乾隆帝命靖逆将军纳木札尔往援。防御喀什噶尔的副都统爱隆阿奉兆惠之命，返阿克苏催促援军，途遇纳木札尔所率200名骑兵，爱隆阿劝其待大兵到后再进，纳木札尔未从，后于途中全军覆没。霍集占见强攻不下，便改为长期围困。黑水营自十月至次年正月，进行了艰苦的防御战。时天寒地冻，弹尽粮绝，援兵不至，无险可依。回兵于上游决河灌营，清军在下游挖沟泄水。回兵枪弹如雨，清军砍掉林木，由树干中挖出数万颗弹丸。后清军挖水井，掘窖粮，补充了给养。十一月间，回疆以西的布鲁特人抢掠了喀什噶尔所属英吉沙尔城（今新疆英吉沙），恰好黑水营清军纵火焚烧两座回营。霍集占以为清军与布鲁特人有约，惧被夹击，故攻黑水营稍懈。黑水营艰难持守之时，清廷急调援兵增援。驻阿克苏的定边右副将军富德与侍卫舒赫德于巴尔楚克（今新疆巴楚）合军，共率3000余兵，冒雪赴援。巴里坤办事大臣阿里衮领兵六百，解马两千匹、骆驼一千头，兼程来援，与爱隆阿所部会合。
乾隆二十四年（1759年）正月，富德率领大军到达呼尔璊，以富德为定边右副将军，径赴叶尔羌解兆惠之围；与回兵遭遇，富德转战五昼夜。阿里衮将战马送至，两军合军后与回兵再战。布拉尼敦出战，中弹受伤，不得已回军喀什噶尔。清军至叶尔羌河岸，阿里衮与爱隆阿合军为右翼，富德及舒赫德为左翼，两军追击回兵。正月初八，兆惠听到北方有枪炮声，又见围营的和卓兵渐少，料想援军已至，遂分兵两路出击，攻取营垒，并派人联络富德。十三日夜，富德进兵至叶尔羌河岸，距兆惠兵营尚有二十里。十四日黎明，富德领兵斩杀和卓兵二三百人。和卓军队渡河而去。富德与兆惠会合，按照谕旨于当晚启程返回阿克苏。至此黑水之围解。
呼尔璊之战后，霍集占兄弟由于清军的进攻和维吾尔人的背离，整个陷入了困境。二、三月间，霍集占派人联络葱岭以西的巴达克山、浩罕等国。因浩罕未有回信，且惧布鲁特沿途骚扰，和卓兄弟决定逃往巴达克山，或再由巴达克山前往痕都斯坦（今克什米尔地区南部及巴基斯坦北部）。四月，清兵占领和阗的消息传来，叶尔羌人心惊动，霍集占将家眷、财物移往叶尔羌以西的赫色勒塔克。波罗尼都也向喀什噶尔居民索取军粮、马匹，在六月十日之前陆续运到塔勒巴楚克河，自己仅与亲信留在喀什噶尔居住。
在大小和卓准备出逃的同时，兆惠、富德正筹集粮饷，计划乘麦熟之前进攻叶尔羌。五月，避难于布鲁特的原喀什噶尔伯克和什克随清军侍卫布占泰来到阿克苏，向兆惠建议先攻取喀什噶尔，以免霍集占投奔浩罕的额尔德尼伯克。于是兆惠等人议定先攻喀什噶尔，再取叶尔羌。此时，流亡于境外的和卓后裔陆续向清军投诚。六月十一日，兆惠领兵九千由乌什南下，进兵喀什噶尔。阿里衮、巴禄领兵三千出巴尔楚克，在喀什噶尔、叶尔羌之间地方等待与富德会合，并把守各处关隘。六月十八日，额色尹、玛木特与波罗尼都交战，剿杀多人，随后来到兆惠军营投诚。
六月二十七日，波罗尼都将喀什噶尔居民掳至城南的提斯衮，由玉鲁克岭（在今疏附县西南）西逃，带走居民一百五十户，及其亲信之家眷、奴仆千余人。霍集占抢掠叶尔羌居民的马匹、牲畜后，又向当地毛拉勒索白银四千两，于闰六月二日启程，经伯克和罗木渡口逃往羌呼勒。大小和卓在色勒库尔（今塔什库尔干县）会合后向西出逃。留在喀什噶尔、叶尔羌二城的伯克随即派人迎清兵入城。闰六月十四日，兆惠进驻喀什噶尔城，富德所部先锋鄂博什进驻叶尔羌城。十八日，富德进入叶尔羌。乾隆皇帝令兆惠留驻喀什噶尔，办理喀、叶二城事务；富德、明瑞等速领兵追击。
乾隆二十五年（1760年），清军一统天山南北约190万平方公里的土地，取名新疆。新疆统一，兆惠率西征军凯旋回京，乾隆帝亲自为兆惠将军牵马回城。位列乾隆帝平定回疆之乱功臣图，悬挂于紫光阁。
乾隆二十六年（1761年），兆惠被授御前大臣，协办大学士兼署刑部尚书，与大学士刘统勋查办杨桥河的案子。
乾隆二十七年（1762年），兆惠又与刘统勋勘察江南运河。
乾隆二十八年（1763年），直隶发生水灾，乾隆帝命他前去观看海口的情况。兆惠根据当时的地理条件，疏通天津、静海诸县的水道。然后乾隆帝又命他与两江总督尹继善筹划疏浚荆山桥的河道。
乾隆二十九年（1764年）十一月，兆惠病逝，享年五十六岁。乾隆帝亲自驾临他的丧礼，赠太保，谥文襄。
嘉庆元年（1796年）十一月，命配享太庙。兆惠将军的画像位列中南海紫光阁功臣第二位。
有史学家认为，兆惠将军是平定新疆的功臣，是中国有史以来收复国土最多的一人，为国家统一做出了杰出贡献。兆惠虽然功绩显赫，却不像岳飞、郑成功等英雄被大家所熟识。但是无论何时，维护国家统一，保护全国各族人民的安定生活和人身安全，都功在千秋。
谢选骏指出：人说“中国有史以来收复国土最多的一人是兆惠将军”，又说“名将的另一面：清代汉尼拔——杀人狂兼食人魔兆惠”……综合来看，杀人狂和食人魔才能成为收复中国历史上收复国土最多的第一人。这是因为，只有喜爱战争、酷爱杀人才能成为征服者；而想成为一个成功的征服者，甚至需要把人当作食物来享用——如此的游戏人生，想不成为赢家，都不可能了。
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